�������������� �������� ������
One of the world's most powerful supercomputers has simulated a moment in the life of a real virus. ���� �� ����� ������ �������� ����� ����������� ������ � ����� �������� ������. The simulation is the first to capture a whole biological organism in such intricate molecular detail. ������������� �������� ������ ��������� ���� �������������� ��������� � ����� ������� ������������ �������.

"Computational Biology has finally reached the level of sophistication and utility of the 1970’s video game Pong. "Computational Biology, �������, �������� ������ ��������� � ���������� 1970 ����� ���� Pong.

But it sounds like we should reach beyond Space Invaders and Pac Man levels in 5 years…. �� ��� ������ ��� �� ������ ����� �� ����������� ����������� � Pac ������� ������� � 5 ���…. Maybe we’ll actually have the bioinfo equivalent of Excel by then." ����� ����, �� �� ����� ���� ����� bioinfo ���������� Excel � ���� ������� ".

Running on a machine at the National Center for Supercomputing Applications, Urbana, the program calculated how each of the million or so atoms in the virus and a surrounding drop of salt water was interacting with almost every other atom every femtosecond, or millionth of a billionth of a second. ��� �������� �� ������ � ������������ ����� �� ������������� ����������������, ������, ��������� ���������� ��� ������ �� �������� ��� ����� ���� ������ � ������ � ���������� ����� ������� ���� ����, ����������������� � ����� ����� ������ �������������� ������ ����, ��� ���������� � ����������� � �������.

The team managed to model the entire virus in action for 50 billionths of a second. ������ ������ ������ ����� ����� � �������� � ������� 50 billionths � �������. Such a task would take a desktop computer around 35 years, says Schulten. ����� ������ ����� ������� ����������� ���������� �������� 35 ���, ������� Schulten. "This is just a first glimpse," he says. "��� ������ ������ ��������", ������� ��. "But it looks gorgeous." "�� ��� �������� ����������".

The model shows that the virus coat collapses without its genetic material. ������ ����������, ��� ����� ������ ������ ��� ��� ������������� ���������. This suggests that, when reproducing, the virus builds its coat around the genetic material rather than inserting the genetic material into a complete coat. ��� ������� � ���, ���, ����� ���������������, ����� ������� ���� ������ ������ ������������� ���������, � �� ��������� ������������� ��������� � ������ ������. "We saw something that is truly revolutionary," Schulten says. "�� ������� ��, ��� �������� �������� �������������", Schulten �������.

Ultimately, computational biologists would like to simulate larger viruses such as influenza or the complex biological systems in a cell - and for longer periods, such as the thousandths of a second that it might take to observe proteins in a cell switch a gene off. � �������� �����, �������������� ������� ������ �� ������������� ������ �������, ����� ��� ����� ��� ������� ������������� ������ � ������ - � �� ����� ���������� �����, ��������, �������� ����� ������, ��� �� ��� �� ������� ��� ���������� ������ � ������ ������������ ����� ���������. These computer models should allow researchers to discover details about such processes that they may miss by observing a real virus. ��� ������������ ������ ������ ��������� �������������� ������ ����������� � ����� ���������, ������� ��� ����� ��������, � ����������� �������� ������.

But such simulations will not become possible until the next generation of supercomputers are built in the next five years, Schulten says. �� ����� ������� �� ������ ��������� �� ��� ���, ���� ��������� ��������� ��������������� ��������� � ��������� ���� ���, Schulten �������.

Source: ��������: Nature �������