De supercomputer bouwt een Simulatie van het Virus

��n van de krachtigste supercomputers van de wereld heeft een ogenblik in het leven van een echt virus gesimuleerd. De simulatie is de eerste om een geheel biologisch organisme in dergelijk ingewikkeld moleculair detail te vangen.

De computerBiologie heeft definitief het niveau van verfijning en nut van het jaren '70videospelletje Pong bereikt.

Maar het klinkt als wij zou moeten voorbij de Ruimteniveaus van Invallers en van de Mens Pac in 5 jaar bereiken. Misschien zullen wij eigenlijk bioinfo gelijkwaardig van Excel tegen die tijd hebben.

Lopend op een machine op het Nationale Centrum voor Supercomputing Toepassingen, Urbana, berekende het programma hoe elk van miljoen of zo atomen in het virus en een omringende daling van zout water met bijna elk ander atoom elke femtosecond, of miljoenste van een miljardste van een seconde in wisselwerking stond.

Het team slaagde erin om het volledige virus in actie voor 50 miljardsten van een seconde te modelleren. Zulk een taak zou een bureaucomputer nemen rond 35 jaar, Schulten zegt. Dit is enkel een eerste glimp, hij zegt. Maar het kijkt schitterend.

Het model toont aan dat de viruslaag zonder zijn genetisch materiaal instort. Dit stelt voor dat, wanneer het reproduceren, het virus zijn laag rond het genetische materiaal eerder dan het opnemen van het genetische materiaal in een volledige laag bouwt. Wij zagen iets die echt revolutionair is, Schulten zeggen.

Uiteindelijk, zouden de computerbiologen grotere virussen zoals griep of de complexe biologische systemen in een cel willen simuleren - en voor langere periodes, zoals thousandths van een seconde die het zou kunnen vergen om prote�nen in een cel waar te nemen schakel een gen van. Deze computermodellen zouden onderzoekers moeten toestaan om details over dergelijke processen te ontdekken die zij kunnen missen door een echt virus waar te nemen.

Maar dergelijke simulaties zullen niet mogelijk tot de volgende generatie van supercomputers in de volgende vijf jaar wordt gebouwd worden, zegt Schulten.

Bron: Aard