Simulazione del supercomputer del virus
Uno dei supercomputer pi� potenti del mondo ha simulato un momento nella vita di un virus reale. La simulazione � la prima per bloccare un intero organismo biologico in dettaglio tale molecolare complicato.

La biologia di calcolo infine ha raggiunto il livello di sofisticazione ed il programma di utilit� di video gioco Pong degli anni 70.

Ma suona come noi dovrebbe raggiungere oltre gli invasori dello spazio ed i livelli dell'uomo di Pac durante 5 anni. Forse realmente avremo l'equivalente di bioinfo di Excel per allora.

Funzionando su una macchina al centro nazionale per le applicazioni di supercomputing, Urbana, il programma ha calcolato come ciascuno del milione circa gli atomi nel virus ed in una goccia circostante dell'acqua salata stava interagendo con quasi ogni altro atomo ogni femtosecondo, o milionesima di un bilionesima di un secondo.

La squadra � riuscito a modellare l'intero virus nell'azione per 50 billionths di un secondo. Una tal operazione richiederebbe ad un desktop computer intorno 35 anni, dice Schulten. Questa � appena una prima occhiata, dice. Ma sembra splendida.

Il modello indica che il cappotto del virus sprofonda senza relativo materiale genetico. Ci� suggerisce che quando si riproduce, il virus costruisca il relativo cappotto intorno al materiale genetico piuttosto che inserendo il materiale genetico in un cappotto completo. Abbiamo veduto qualcosa che fosse allineare che rivoluzionario, Schulten dice.

Infine, i biologi di calcolo vorrebbero simulare i pi� grandi virus quali la riossidazione o i sistemi biologici complessi in una cellula - e per i periodi pi� lunghi, come i millesimi di un secondo o� potrebbe prendere per osservare le proteine in un interruttore delle cellule un gene. Questi modelli elaborati dal calcolatore dovrebbero permettere che i ricercatori scoprano i particolari circa tali processi che possono mancare osservando un virus reale.

Ma tali simulazioni non diventeranno possibili fino a sviluppare la generazione seguente di supercomputer durante i cinque anni futuri, Schulten dice.

Fonte: Natura