Simulation d'ordinateur g�ant de virus
Un des ordinateurs g�ants les plus puissants du monde a simul� un moment dans la vie d'un vrai virus. La simulation est la premi�re pour capturer une organization biologique enti�re dans un tel d�tail mol�culaire complexe.

��La biologie informatique a finalement atteint le niveau de la sophistication et l'utilit� du jeu vid�o Pong des ann�es 70.

Mais cela ressemble � de nous devrait atteindre au del� des envahisseurs de l'espace et des niveaux d'homme de Pac en 5 ans. Peut-�tre nous aurons r�ellement l'�quivalent de bioinfo d'Excel d'ici l�. ��

Courant sur une machine au centre national pour des applications de superinformatique, Urbana, le programme a calcul� comment chacun du million environ les atomes dans le virus et une goutte environnante d'eau sal�e agissait l'un sur l'autre avec presque chaque autre atome chaque femtoseconde, ou millioni�me de une milliardi�me d'une seconde.

L'�quipe est parvenue � modeler le virus entier dans l'action pour 50 milliardi�mes d'une seconde. Une telle t�che prendrait � un ordinateur de bureau environ 35 ans, dit Schulten. ��C'est juste un premier aper�u,�� il dit. ��Mais il semble magnifique.��

Le mod�le prouve que le manteau de virus s'effondre sans son mat�riel g�n�tique. Ceci sugg�re que, en se reproduisant, le virus construise son manteau autour du mat�riel g�n�tique plut�t qu'ins�rant le mat�riel g�n�tique dans un manteau complet. ��Nous avons vu quelque chose qui est vraiment que r�volutionnaire,�� Schulten dit.

Finalement, les biologistes informatiques voudraient simuler de plus grands virus tels que la grippe ou les syst�mes biologiques complexes dans une cellule - et pendant de plus longues p�riodes, telles que les milli�mes d'une seconde l'o� elle pourrait prendre pour observer des prot�ines dans un commutateur de cellules un g�ne. Ces mod�les d'ordinateur devraient permettre � des chercheurs de d�couvrir des d�tails au sujet de tels processus qu'ils peuvent manquer en observant un vrai virus.

Mais de telles simulations ne deviendront pas possibles jusqu'� ce que la prochaine g�n�ration des ordinateurs g�ants soient �tablies en cinq ann�es � venir, Schulten dit.

Source : Nature